Çek Cumhuriyeti'nin Dukla Příbram kulübünün altyapısında yetişti. 2000-2001 sezonunda 22 maçta bu kulübün formasını giydi ve 2 gol attı.
2002-2003'de Petra Drnovice takımına transfer oldu. 4 maç formasını giydikten sonra Slovan Liberec'e transfer oldu ve 4 sezon bu takımın formasını giydi. 80 macta forma giyen ve 10 gol atan Zápotočný, kendini gösterme şansı buldu. 2006-2007 sezonunda kaptanlığını yaptığı Liberec formasıyla, ülkesinde yılın en iyi savunma oyuncusu seçildi. Bu performansıyla İtalyan kulüplerinin dikkatini çekmeyi başardı.
2007-2008 sezonunda 500.000 Euro karşılığında İtalya Serie A takımlarından Udinese Calcio takımına transfer oldu. 25 Şubat 2007'de, Parma'ya karşı giydiği Udinese formasıyla Serie A kariyerine başlamış oldu. 35 resmi maçta Udinese forması giydi.Zápotočný, 2008-2009 sezonu başında 4.5 milyon € bonservis bedeli karşılığında Beşiktaş Jimnastik Kulübü'ne transfer oldu.
Mansiz26 isimli Üye şuanda online konumundadır