Edouard Cisse futbol kariyerine 1996-1997'de Pau'da başlayan Édouard Cissé 1998 yılından Fransa takımlarından Paris Saint Germain'e transfer oldu ve Paris formasıyla bir sezonda 11 maça çıktı. İlk profesyonel maçına 5 Ekim 1997 tarihinde bu takımla Nantes deplasmanında çıktı.
Fransa'da ilk sezonundan PSG formasıyla oldukça az şans bulan Cisse 1998-1999 sezonundan bir başka Fransız takımı olan Rennes'e kiralandı. Rennes forması altında da pek parlak bir sezon geçirmeyen Édouard Cissé oynadığı 26 maçta 2 gol kaydetme başarısı gösterdi. Rennes'de hocasıyla yaşadığı bir takım sorunların ardından ayrılmak zorunda kalan Cissé bir sezon aranın ardından yeniden PSG'ye döndü.
Paris Saint Germain'de ilk gelişinin aksine 1999 ve 2001 yılları arasından daha iyi bir dönem geçiren Édouard Cissé 2002-2003 sezonunda Ada'nın yolunu tuttu ve West Ham United'a kiralandı. Ada'da West Ham United forması altından aradığını bulamayan ve beklenen patlamayı yapamayan Cissé 'nin rotası yine Fransa oldu ama bu kez PSG değil Monaco oldu.
AS MONACO'de bir sezonda 18 maça çıkan ve bu maçlarda 1 gol atan Cissé, Monaco'nun sürpriz Avrupa başarısındaki Morientes ve Evra ile birlikte en önemli mimarlardan biri olarak büyük kulüplerin dikkatini çekmeyi başardı.2005-2006 sezonunun başından yeniden yuvaya yani PSG'ye döndü. 2005-2006'da PSG forması ile 29 maça ilk 11'de çıkıp bu sezonda da 2 gol kaydeden Cissé, 2006-2007'de 32 maça ilk 11'de başladı ve 2 gol kaydetti. Monaco tecrübesinin ardından PSG kulübüne geri dönen Fransız yıldız, son 3 yıldır maddi krizle boğuşan ve art arda başarısız sezonlar geçiren Paris kulübünün en istikrarlı isimlerinden biri oldu.
Portekizli forvet Pauleta ile birlikte kulübün en eski oyuncularından olan Cissé, Paris'li taraftarların en çok sevgi gösterdiği oyuncular arasında yer alıyordu. 2006-2007 sezonu takımın oynadığı 41 lig, kupa ve UEFA maçının 37'sine ilk 11'de başlayan Cissé, aynı zamanda takımın ikinci kaptanlığını yaptı. PSG, geçen sezon ligde düşme hattına girdikten sonra, Fransız Teknik Direktör Paul Le Guen'in göreve gelmesiyle yeniden yükselişe geçmişti. Le Guen, "Takımın bu başarısındaki en önemli isimlerden biri Cissé..." diyerek, Senegal asıllı oyuncunun 2007-2008 sezonunda da takımda kalmasını istedi. Ancak, Cissé verdiği bir röportajda "Paris'te geçirdiğim 10 yıldan sonra, artık belki de veda zamanı geldi. Şampiyonlar Ligi'nde başarı yakalayabileceğim bir takımda oynamak istiyorum" sözleriyle ayrılık sinyali vermişti.
Genellikle, orta sahanın sağında oynayan Fransız oyuncunun en büyük artıları hızı ve dayanıklılığı. Oynadığı takımlarda sezonun büyük kısmında ilk 11'de başladı. Bugüne kadar büyük bir sakatlık yaşamayan Cissé, ilk kırmızı kartını 22 Eylül 2007'de Beşiktaş-Denizlispor maçında gördü.
Golcü özelliğinden çok hızlı deparları ve uzun paslarıyla ön plana çıkıyor. Ancak, nadiren attığı goller güzelliğiyle dikkat çekiyor. En önemli zaafı olarak defansif yönü gösteriliyor. Özellikle, 2007-2008 sezonunda ligde ve UEFA Kupası'nda, maç sonucuna etki eden markaj hatalarıyla dikkat çekti. Bir diğer olumsuz özelliği ise sezon içinde form düzeyinde ani düşüşler yaşaması. Ancak her şeye rağmen, Cissé her sene takımının ilk 11'inde vazgeçilmezler arasında yer aldı.
Édouard Cissé 'nin kariyerinde bir Monaco ile Şampiyonlar Ligi finali ve PSG ile kazanılmış 1 Fransa Kupası bulunuyor. Fransa'da 10 yılda, 249 maçta 712 gol attı. Cissé' 'nin başarıları arasında iki Fransa Kupası ve bir Şampiyonlar Ligi finali bulunuyor.Sezon sonunda gönderilecekler arasındadır.